云南中醫藥大學始發于1953年成立的昆明中醫進修學校,1960年云南中醫藥大學的前身云南中醫學院正式掛牌成立，是全國第二批成立的中醫藥院校之一。

　　1951年經昆明市衛生局批準開辦昆明中醫進修班。

　　1953年3月，在昆明中醫進修班基礎上，經上級批準，成立昆明中醫進修學校，專門承辦中醫進修班。校址位于昆明市景星街110號，校長由昆明市衛生局副局長王之翰兼任。同年，昆明中醫進修學校劃歸云南省衛生廳領導，校址遷至昆明市三合營原13號。

　　1957年1月校址從昆明市三合營13號又遷至昆明高峣辦學，上級任命省衛生廳廳長王天順兼任校長。同年增設“中醫師資班”、“針灸師資訓練班”、“中藥調劑班”、“麻風防治干部訓練班”和“衛生干部文化班”。

　　1958年7月昆明中醫進修學校更名為云南省中醫學校，校址遷至昆明市平政街41號，自此正式開辦四年制中醫中專班。同年再增設“保育訓練班”和兩年制“西醫離職學習中醫研究班”，在校學生總數達630人。

　　1960年5月，為貫徹黨的衛生工作方針，落實黨的中醫政策，發掘、整理祖國中醫藥遺產，云南中醫學院正式掛牌成立。吳佩衡任首任院長。

　　1962年初，由于國家處于經濟困難時期，學校面臨停辦危機。時逢周恩來總理到云南視察工作，在周恩來總理的關懷下，云南中醫學院得以保留。

　　1964年2月，學校校址自昆明市平政街41號遷至白塔路6號（原昆明第一衛生學校校址），占地30畝。“文化大革命”期間，學院和全國其他高校一樣，辦學受到嚴重影響，造成了不可估量的損失。“文革”后期，師生員工在極其艱難的條件下堅持辦學，1971年至1976年累計畢業三年制中醫專業學生630人。

　　1987年9月12日，在昆明市官渡區關上鎮雙橋鄉征地109畝，擴建學校。

　　1992年2月，中藥系由白塔校區搬到關上校區辦學，自此關上新校區正式啟用。

　　1997年，學校承擔中國“99昆明世界園藝博覽會”六大專題園區之一的藥草園建設工作，為世界博覽會之首創。1999年建成，得到江澤民總書記、李嵐清副總理等黨和國家領導人的高度評價，榮獲“中國’99昆明世界園藝博覽會”貢獻獎。

　　1997年，學校黨政部門全部搬到關上校區辦公，自此關上校區成為校本部。

　　2005年，為適應中醫藥教育發展的需要，學校在呈貢新城雨花片區征地823.5畝進行校區建設，2008年9月10日，呈貢新校區一期工程建成并投入使用，首批1750余名師生正式入駐新校區。

　　2009年3月1日，學院院本部全日制本?？粕?、研究生和留學生3000余人及教職員工近600余人正式入駐呈貢新校區，成為第一家整體搬遷入駐呈貢新區的高校。

　　2010年11月20日，學院在呈貢校區隆重慶祝建校50周年慶典活動。

　　黨的十八大提出“把立德樹人作為教育的根本任務”后，學校針對德育工作缺乏評價標準和有效路徑的突出問題，決定從2013年開始，每年在所有本科畢業生中實施德育論文答辯，并作為規范制度納入學校人才培養方案。2013年6月，云中1288名本科畢業生進行德育答辯，引發業界的高度關注與新聞媒體的廣泛報道。

　　2016年7月，學校成為云南省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校。根據共建協議，云南省和國家中醫藥管理局將在政策、項目、經費等方面給予重點扶持，切實提升學校引領云南中醫藥事業發展、造福各族人民、輻射周邊國家的能力和水平。

　　2016年9月，學校呈貢校區二期項目陸續開工建設。項目延續一期建筑風格，將中國傳統文化與中醫藥科學內涵相融合，一個既具有現代大學功能、又具有中醫藥文化傳承獨特氣質的現代大學校園矗立在滇池之濱。2019年8月，二期建成并交付使用，辦學條件得到極大改善。

　　2016年10月至2017年3月，省委對學院黨政領導班子主要負責同志職務進行了調整，新一屆黨政領導班子到任，王翠崗同志任黨委書記，熊磊同志任院長。

　　2017年2月，省政府批準將云南省交通運輸廳所屬的云南省交通中心醫院劃轉為我校直屬第二附屬醫院。2018年4月27日，省委編辦印發《關于調整云南省交通中心醫院機構編制事項的批復》；同年6月，我校第二附屬醫院正式揭牌，列入省級公立醫院序列。

　　2018年5月10日，學校正式獲批成為博士學位授予單位，“中醫學”學科獲得博士學位授權點，實現了我校博士學位授予單位和一級學科博士點零的突破，2019年正式招收首屆博士研究生，標志著辦學層次和辦學水平邁上新的臺階。

　　2018年11月，教育部發函云南省人民政府《關于同意云南中醫學院更名為云南中醫藥大學的函》，2019年1月，省政府通知省教育廳，批準學校正式更名為云南中醫藥大學。2019年1月19日，云南中醫藥大學正式揭牌。

　　2019年8月27日，我校承建的中國-緬甸中醫藥中心在緬甸第二大城市曼德勒揭牌。

　　2020年11月20日，學校在呈貢校區舉行本科教育60周年紀念大會。

　　2021年10月25日，我校參加了2021年國家中醫藥管理局國際合作司“中醫藥國際合作專項”項目投標，我校申報的“中國-老撾中醫藥中心”項目中標。這標志著我校“中國-老撾中醫藥中心”獲批國家級海外中醫藥中心建設項目。

　　2022年2月，中共云南省委辦公廳下發《中共云南省委辦公廳、云南省人民政府辦公廳關于命名第九屆云南省文明村鎮、第十六屆云南省文明單位、第二屆云南省文明家庭和文明校園的通報》（云辦通【2022】7號），我校入選第二屆云南省文明校園名單，正式獲評云南省文明校園。

　　2022年4月21日，云南中醫藥大學與老撾衛生部傳統醫藥研究院通過視頻方式舉行“中國-老撾中醫藥中心”項目合作諒解備忘錄線上簽約儀式。以此為標志，雙方將全面啟動在傳統醫藥領域的聯合醫療、醫學研究、人才培養等方面的合作與交流。

　　2022年9月，學校召開干部大會，省委宣傳部領導宣布省委對學校黨委主要領導和行政主要領導的任職決定，邱勇任校黨委書記，丁中濤任校長。

　　更新時間：2022年10月17日